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在《横琴粤澳深度合作区建设总体方案》（以下简称《总体方案》）中，赋予合作区多项财税优惠政策，包括提出要完善企业所得税优惠政策，以及对在合作区工作的境内外高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15%的部分予以免征。
企业所得税、个人所得税优惠政策是合作区发展的“基石”性政策之一，聂新平从三个方面介绍政策出台的意义。一是“趋同澳门”，通过实施“澳门居民个税优惠政策”，有利于加强两地企业、居民的经济往来，推动琴澳一体化发展；二是“涵养产业”，通过精准匹配“四大重点产业”，并强化实质性运营，吸引企业上岛办公，夯实促进澳门经济适度多元发展的产业基础；三是“集聚人才”，通过扩容新增“优惠享受群体”，有利于合作区企业延揽境内外高素质人才，增强企业人才竞争力和吸纳就业的能力。
今年以来，广东省财政厅、省税务局先后转发国家部委相关通知，细化了合作区的个人所得税和企业所得税优惠政策落实措施，充分体现了“优惠力度大、创新程度高、优惠目录扩容、覆盖面扩大、战略性突出、享受方式便捷”等特点，大幅降低了合作区符合条件企业和个人的实际税负水平、缩小琴澳两地税负差，对推动合作区产业发展、促进澳门经济适度多元发展具有重要意义。
其中，企业所得税方面，对合作区符合条件的产业企业减按15%的税率征收企业所得税，大大增强了市场主体尤其是澳资企业参与合作区建设的意愿和信心。
在个人所得税方面，新政策对在合作区工作的境内外高端人才和紧缺人才，其个人所得税负超过15％的部分予以免征。对在合作区工作的澳门居民，其个人所得税负超过澳门税负的部分予以免征，澳门税负参照澳门税法关于职业税、所得补充税等有关规定计算，营造税负趋同澳门的宜居宜业环境。。